Le Service de Santé des Armées (SSA) est la structure médicale des Forces Armées Djiboutiennes.
Il assure, en toutes circonstances, le soutien médical et sanitaire des Forces Armées Djiboutiennes et des organismes placés sous l'autorité du ministre de la Défense.

Son organisation sur le territoire national lui permet d'assurer un soutien sanitaire adapté.
Le service de santé des armées a pour vocation première d'assurer la prévention et le soin aux militaires stationnés ou en opérations. Il soigne aussi les anciens combattants, les militaires retraités et les membres des familles des militaires.

Le SSA a également un rôle de formation dans le domaine médicale. La cellule instruction a formé plusieurs promotions des stagiaires militaires, des gendarmes, des stagiaires de la garde républicaine, de la police nationale et des stagiaires du Service National Adapté .Les formations sont dispensées par des médecins militaires et des personnels paramédicaux militaires. Il peut être appelé à exercer des missions humanitaires.